Поправьте если не в том направлении думаю.front-end
Лучше писать не на flash а на js.
Примеры графики, какие движки лучше использовать?
Думаю что особо парится не стоит, взять простую библиотеку для анимации и на этом все.
Карту просто нарисовать, для управления позиционированием объектов просто сетку сделать, которая будет по верх карты. Объекты наверное лучше отрисовывать через canvans или уже готовый через движок?
"понимаю что это почти одно и тоже, но все же. Стоит тратить время на создание своего ядра или взять готовое?" предполагается,что персонажи будут векторными (svg). Что касается объектов (декор травы например, здания) растровые изображения или тоже вектор?
Управление объектами, ну тут все просто, функции и отлавливать события. Перемещение и все такое Drag'n'Drop.
back-end
mysql + redis или memcached - файловая система.
Для обмена использовать websocket в место ajax.
Да и в частности api использовать.
Может что-то упуская. На старте, всего предугадать нельзя.