Сейчас только через .Xresources, переопределяя цвета там.
ncurses, вроде, может отображать цвета заданные в формате RGB, хотя и ограниченно их количество. Мне почему-то казалось, что нужна 6 версия либо специально собранная 5, при этом там что-то с совместимостью не то, но, вроде, и на стандартной сейчас работает (это функция init_colors()), правда не везде (в screen не работает). Надо будет пробовать добавить hex-синтаксис.
P.S. Поздноватый, конечно, ответ, но как увидел.