Вопрос бессмысленный без указания файловой системы и ОС.
Так же неплохо бы указать средний размер файла, количество файлов в директории откуда они удаляются, размер диска, и процент его заполнения.
Ну и способ удаления интересно узнать - через интерфейс системы, сторонней утилиты или как это вообще делается?
Скорее всего дело не в SSD, а в ФС.
Ну или вот это вполне может проблемы создавать "- отключен своп-файл."