Всё зависит от контроллера И BIOS материнки.
Если BIOS может загрузить ОС с внешнего SCSI/SATA-контроллера, то проблем не будет никаких.
Чему отказать сразу: «полусофтовые» контроллеры на чипе VIA.
Что может сработать, а может и нет: Silicon Image (SIL3114)
Что скорее всего сработает: Tekram, Promise.
Если у контроллера есть «свой» BIOS, вылезающий при загрузке, где можно настраивать параметры — это очень хорошо.