Эти ошибки, по сути, логические.
Значит, чтобы их не допускать, нужно следить за логикой и смыслом. Главные инструменты, которые могут в этом помочь - декомпозиция на небольшие фрагменты и осмысленное именование переменных и функций. Немудрено ошибиться, если у вас, например, три одинаковых вложенных цикла с переменными i, j и k.