Мы зарегистрировали один домен, на котором размещается основной сайт.
При этом создали еще несколько сайтов, но не регистрировали под них отдельный домен, а размещаем их на домене третьего уровня от основного сайта, то есть newsite.mainsite.ru.
Сами сайты при этом никак друг с другом не пересекаются, имеют разный контент, и по сути все, что их объединяет, это домен.
Скажите, для SEO это сильно плохо (именно по отношению к основному сайту), или ничего страшного и на это можно вообще не обращать внимания?
Это плохо только с той стороны, что потом сайты с поддоменов если перенести то они будут посчитаны поисковиками как дубли. И не получат весь информационный вес, который заслуживают. В этом случае воспользуйтесь редиретами.