WooCommerce глубоко плевать на то, в какой валюте вы указали цену для для данного конкретного товара, он руководствуется тем, что ему указали в настройках магазина.
Выход вижу ровно один, добавляйте под полем с ценой чекбокс который отмечайте в случае если цена в евро, при получении цены товара проверяйте его состояние и при необходимости умножайте на курс.
можно делать при помощи фильтра
woocommerce_get_price