Похоже, что криптованный диск подключается уже после запуска службы, которая расшаривает ваши папки, и в момент запуска она не может расшарить указанную папку из-за ее отсутствия.
Что вы можете сделать:
1. простой велосипед:
Создать ссылку (Junction Point) на ваш криптованный диск, и отшарить именно ее. При этом такую ссылку будет расшаривать, но зайти в нее будет нельзя, пока не подключить сам диск.
2. Написать батник, который будет включать доступ по сети командой net share и запускать его после старта компа и монтирования трукрипт диска, команда примерно такая:
net share SecureFolder c:\mydisk\mylink
или
net share SecureFolder c:\mydisk\mylink /grant:user1,full