ЕМНИП, чтобы сохранить прям файл, в Вашу сущность BookEntity, например, то эта самая BookEntity должна обладать полем для хранения файла. Поле должно быть с типом byte[] (массив байтов), и оно же должно быть помечено аннотацией @Lob. И тогда все ваше сохранение/чтение сводится к записи/чтению массива байтов.