Зависит от репозитория =)
Вообще, в общем случае - нет, если только проверенные и общественно признанные (как, например, debian backports в своё время были).
Dotdeb тоже вроде бы публично признанный, и туда вряд ли попадет откровенная вирусня, но вот собирать пакеты там не всегда стараются, собирают "как могут".