Как разбиваете текст по слоям, так он и будет выделяться (если не ошибаюсь). Плюс, смотрите настройки при экспорте. Фотошоп вообще не лучший инструмент для создания удобных PDF. Для этого лучше использовать Индизайн.
Грамотно использовать те настройки, которые соответствуют контексту использования PDF в дальнейшем. Для печати одни настройки, для веба другие. Формат, размер, качество изображений, интерактивные ссылки и т.п. — исходите из того, где файл будет использоваться.