Ctrl + клик на превью слоя первого прямоугольника, crtl + shift + клик на втором. Затем File - Image - Crop и Вуаля!
Но и crop tool прекрасно работает, просто нужно руками обозначить границы. Края области обрезки сами липнут к краям графики на холсте, с такими простыми формами сложностей не будет. Просто отключите пропорциональное изменение размеров на панели Optoins вверху - поле Ration должно быть пустым.