Да, небезопасно, альтернативы
1. поднять VPN, доступ к мускулю снаружи только по впн, не напрямую (резать в iptables)
2. (сам использую) пускать разрабов с пробросом портов по ssh. Себе настроил путти (батник):
putty.exe -ssh user@site.ru -L 3396:localhost:3306
в итоге на компе любой удобный и привычный софт можно использовать, указывая в качестве сервера БД
127.0.0.1:3396, со стороны сервера они выглядят как коннекты с localhost
На сервере завести отдельного юзера с минимальнейшими правами - ему даже входить не обязательно в шелл, только до локального сокета достучаться, плюс настроить авторизацию по сертификату для полного удобства.
дополнительный бонус - с использованием ключа "-C" будет еще и компрессия данных, что может приятно повлиять на скорость передачи хорошо сжимаемых данных.