Я таки догадался, что речь идет о
windows в качестве операционной системы и internet explorer в качестве браузера, не смотря на то, что вы не упомянули об этом ни в самом вопросе, ни в тегах.
На windows "общесистемные" настройки прокси, которыми обычно руководствуется ie при работе (другие браузеры не обязаны заглядывать в эти настройки, у каждого могут быть/не_быть свои прокси) хранятся в реестре в ветке
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings
в соответствующих ключах с именами содержащими в составе слово Proxy. Так как реестр windows поддерживает
ACL, то простым о очевидным решением вашей проблемы будет
снять все разрешения на запись в эти ключи для всех пользователей и SYSTEM без исключения. Это легко делается при помощи
regedit. Нарыл в сети несколько скринов частично иллюстрирующих процесс:
.
Тут показано как ограничивать права только на чтение для некого "RESTRICTED". Вам остается проделать подобную операцию для все без исключения пользователей/групп (включая SYSTEM), имеющих доступ к этим ключам.