Нужно проверить, чтобы у файлов был тот же владелец, что и пользователь Apache. Кроме того, выставить необходимые права на папки и файлы.
chown bitrix:bitrix file.php
Для массовой смены владельца можно использовать:
find . -type f -exec chown bitrix:bitrix {} \;
Вот универсальное решение:
cd /home/bitrix/www
find . -type d -exec chmod 775 {} \;
find . -type f -exec chmod 664 {} \;
find . -type d -exec chown bitrix:bitrix {} \;
find . -type f -exec chown bitrix:bitrix {} \;
/home/bitrix/www — директория где лежит сайт
bitrix:bitrix — пользователь и группа под кем запущен демон httpd
Пользователя и группу можно подсмотреть в phpinfo.