Обе технологии востребованы, вам выбирать.
Java: да, можно уйти в андроид, или в суровый Java EE, запрос на джуниоров Java стабилен, без всплесков и падений много лет. Банковский сектор, например, традиционно склоняется к Java, и там много работы.
C#: можно разрабатывать под windows, в том числе мобильные, инструменты Microsoft тоже в целом гибкие, не одним C# будете жить. Также не забывайте, что C# - язык для разработки на Unity, а это большой пласт вакансий gamedev, который идет мимо хедхантеров (на львиную долю).
В джаве меня пугает то, что требуются JAVA EE, а учить придется с SE. + имеем огромный стак непонятных(мне) технологий, знание которых тоже входит в список обязательных.
Стеки .Net и Java примерно дублируют друг друга, может быть в Java образовалось чуть больше вариантов.