Для удаления вируса с сайта надо сравнить программный код сайта с эталонным программным кодом используемой сайтом версией Magento посредством специальных инструментов сравнения типа Araxis Merge.
Качественно сделанный вирус мог уже размножиться за пределы Magento, поэтому удалять вирус должен квалифицированный специалист.
Обычное обновление Magento вирус не устранит. Обновлять Magento надо либо до заражения, либо после устранения последствий заражения.