Я не настраивал WOL. Но есть такая мысль по вашему вопросу.
Чтобы сетевая могла включить компьютер по сигналу из вне и это реально приносило пользу в виде энергосбережения, должен быть задействован некоторый профиль питания на материнской плате, при котором поддерживается питание на сетевой и в тех местах, который позволяют компьютеру включаться по WOL.
Если же материнка полностью обесточена и сетевая, соответственно, тоже, то даже если сетевая настроена для WOL, она отвечать не будет.
Насколько знаю, современные мат.платы имеют несколько режимов пониженного энергопотребления. И нужно настроить, чтобы при "выключении" (poweroff или по кнопке), компьютер не выключался совсем, а переходил в режим пониженного энергопотребления, при котором доступен WOL.
Но вообще это странно, если в BIOS включен WOL, то, мне кажется, это и означает, поддержание питания на сетевой.