Э... Извиняюсь, если ломают, то дело, конечно не в обновлениях. А в... ну... э... руках.
Чтобы не ломали, точнее, ломали, но безболезненно, используйте виртуалки/контейнеры, файерволы, прокси... Ну и накатывайте обновления по мере их выхода.
При взломе политика такая - восстановить последнее в режиме read-only, вручную накатить обновления.
Ну и перейдите на что-то более безопасное, руби-на-рельсах там или джанго, или яву что-ли.
Ну а вебмин вам уже посоветовали. Также есть CPanel и прочие радости.
И да, с контейнерами/виртуалками сайт лечить одно удовольствие.
Как вариант предлагаю:
Севрвер с тройкой виртуалок, одна под мускуль, вторая под нгинкс, третья под php-fpm. Сам сервер настраиваем на проброс всего http на nginx, закрываем его по самые яица и коннектимся к нему в двух-трех IP.
Виртуалка с nginx работает только со статикой и отдает остальное на php-fpm.
php-fpm коннектится к базе мускула.
Если что-то сломали, то просто восстанавливаем последний снапшот в режиме реад-онли. Ну и всегда держать виртуалку со статикой "Ведутся работы"...
Тоже самое - на LXC или docker делается, если виртуалки напрягают...
Ну и хорошо бы все php-файлы в режиме read-only держать.
Простой
