Если крайне нужно не пускать всех, кто залогинился раньше с тем же сертификатом, дальше nginx, то предлагаю такой костыль.
Приложение при "входе", т.е. там, где ставит cookie скажем с именем SESSION_KEY, создает папку (можно на ram диске, чтоб быстрее) с именем $client_serial (если нет такой) и в ней файл с именем $session_key.
И удаляет все другие файлы в этой папке.
В Nginx:
if ($ssl_client_verify = "VERIFIED") {
if(-f /ramdisk/sessions/$ssl_client_serial/) {
if(!-f /ramdisk/sessions/$ssl_client_serial/$cookie_SESSION_KEY/) {
return 403;
}
}
}
Ну там проверить не пришла ли бяка в $cookie_SESSION_KEY и пр.
P.S. Только в качестве идеи.