Самый лучший - тот, который приносит много денег и который недорого обслуживать (а значит тот, который очень хорошо знают ваши разработчики).
Минусы у WooCommerce, конечно, есть. Как и у любого другого движка. Вот только у меня будут свои минусы, у Пети другие, а у Маши третьи. Что за магазин, ниша, товары? География? Особенности?
Из общего - в WC весьма непростая для понимания и управления на первых порах такая штука как вариативные товары. С другой стороны, если ее освоить как положено - штука весьма мощная и полезная. Еще WC сам по себе бесплатный, но очень много полезных и удобных инструментов - платные, но это нормально с учетом того, что магазин как бы деньги приносит, и жалеть Х$ на оптимизацию работы и/или повышение продаж - грешно. Плюс, разрабы должны хорошо знать и WordPress, и WooCommerce, это сужает круг специалистов (хотя их все равно не меньше, чем по PrestaShop, например)...
В общем, дайте больше деталей, конкретный случай.
Да, еще забыл упомянуть. Не так давно WooCommerce был куплен компанией Automattic, которая, как многие знают, владеет самым крупным в мире сервисом WordPress.com, платформой WordPress VIP и многими другими интересными вещами.
