В Dropbox это работает по той простой причине, что DB умеет синхронизировать большие файлы бинарными диффами (а не гонять весь 2-гиговый файл по сети при каждом изменении).
Если мега так не умеет, то лучше не стоит так делать. Если умеет - то ваша задача только настроить синхронизацию нескольких отдельных папок в Mega, а дальше всё по статье про дропбокс (dd, mkfs, mdadm и погнали).