Но страница по DNS doc.site.com открывается иногда по 30 сек. а иногда просто за 2 сек.
А по ip нормально всегда? Или также?
Создайте простую php страничку, например test.php:
<?
print "Hello!";
?>
и на ней проверяйте.
Если все хорошо, то дело явно не в dns и именах.
Что там у Вас происходит на Вашей страничке неизвестно. Может БД иногда подтормаживает.