При создании ext4, по-умолчанию резервируется 5% свободного места для решения проблем фрагментации. Вы можете изменить эту настройку командой tune2fs -m N <устройство>, где N - количество %.
Так же нашел вот это (ранее видел , но забыл\потерял)
Кроме того, файловая система ext4 по умолчанию резервирует часть места для системных данных. Поскольку на /home, и уж тем более на разделе с пользовательскими файлами, никаких системных данных никогда не будет, то лучше отменить это резервирование, дабы освободить пропадающее зря место. Для это пригодятся команды