Таблица разметки GPT самая современная, позволяет размечать разделы до петабайт, DOS - 32битная и не позволяет адресовать пространство диска более 2Тб, т.е. Все, что больше этой цифры будет неразмечено.
Рекомендую GPT, ее даже уиндоуз современный поддерживает.