Нужно проделать примерно то, что проделывает спринг в веб приложении, а именно в начале создать нужный контекст вручную и указать ему где конфигурация, а потом из этого контекста получать нужные объекты.
Например:
org.springframework.context.annotation.AnnotationConfigApplicationContext appContext = new AnnotationConfigApplicationContext(Config1.class, Config2.class);
MyBean myBean = appContext.getBean(MyBean.class);
Есть и другие виды контекстов, например, которые грузят конфигурацию из xml. Подробности в документации.