То же озадачился этим вопросом, наткнулся на ваш вопрос, и вот что я нашёл.
Мне очень понравилась библиотека
draw2d, но если коммерческий проект, то 399 евро (кстати недорого в принципе) тот же jointjs около 150к рублей.
Ещё вариант,
jsPlumb (та что Community Edition), но тут функционал поменьше. Лицензия MIT/GPLv2.
Ещё несколько, которые приглянулись,
Cytoscape.js (LGPL),
js-sequence-diagrams (вроде MIT),
Так же можно попытаться юзать JavaScript InfoVis Toolkit, Raphael.js, D3, SnapSvg, но это всё же немного не то.