разнести по разным репам
использовать штатные механизмы ЯП для установки и работы с кодом (pip, rvm, composer, ...)
свои тесты и билд процедуры на CI сервере
В жтом случае необходимо будет для каждого микросервиса прописывать зависимости от других микросервисов, которые необхоимы для тестирования текушего.
пока количество связей не гигантское ~100 - изолировать комбинации сервисов и тестировать отдельно.
Когда перевалит за сотню - стоит взять пару QA и поручить им приемочное (функциональное) тестирование всего комплекса