Я или дурак, или что-то еще, саблайм же сам все отступы, скобки и прочее расставляет, добавляет (опять же, сам), точку с запятой при указании свойства элемента и т.д. Чего там еще автоматизировать?
Я CSS форматирую с помощью TopStyle. В нем даже можно настроить ряд параметров, по которым будет форматироваться стиль.
JQuery только JSMin плагином для Notepad++
PHP не форматирую, так что помочь не могу.
В Sublime Text 3 для форматирования HTML пользуюсь плагином Tag. Попробуйте! Есть еще моё видео 10 плагинов для Sublime Text 3, там на 12:40" про него и рассказываю.
Для вашего случая есть вот такой он-лайн сервис: http://minify.avivo.si/ В нем выбираете — beautify, выбираете настройки декомпрессии CSS и генерируете результат.