Сравните "пинги" до целевого сервера при работе через шлюз и напрямую. Также проверьте интерфейсы на наличие ошибок (при помощи команды ifconfig).
UPD:
https://cloud.mail.ru/public/3VZDQKLZM2Wb/cap_eth0.pcap - слушал eth0 (интернет)
https://cloud.mail.ru/public/2MTN9apktN8U/cap_eth1.pcap - слушал eth1 (локальная сеть)
Уточните, это дампы трафика только с сервера или с сервера (eth0) и клиентского компьютера тоже (eth1)?
Я спрашиваю, потому что разницы скорости передачи полезных данных в два раза я здесь не обнаружил.
График скорости передачи трафика от сервера 213.180.204.183 с eth0:

С eth1:

С TCP явных проблем пока не обнаружил, равно как и с MTU (размер полезной нагрузки HTTP в каждом пакете одинаковый в обоих дампах, 1410 байт)
UPD2:
gateway - https://cloud.mail.ru/public/5VsPnm4QmaRp/gateway.pcap
computer - https://cloud.mail.ru/public/yy6WtAZgbKc5/computer.pcap
Так, теперь вижу:
gateway:

computer:

Если не ошибаюсь, из дампов следует, что вы:
1) с шлюза поднимаете l2tp-сессию и через нее качаете файл, ваш MAC-адрес 14:cc:20:03:c0:aa, ближайшего маршрутизатора - 84:c9:b2:22:a6:02, скорость около 5 Мбайт/сек
2) с компьютера поднимаете l2tp-сессию и через нее качаете файл, ваш MAC-адрес 14:cc:20:03:c0:aa, ближайшего маршрутизатора - 84:c9:b2:22:a6:02, скорость около 2.5 Мбайт/сек
В связи с этим неясно, как у вас организовано подключение? Если компьютер подключен через linux-шлюз (по дампам этого не видно, см. MAC-адреса Ethernet-фреймов), то почему вы с него (компьютера) поднимаете сессию, вместо того, чтобы поднять ее на шлюзе и отдавать трафик компьютеру через обычный IPoE?
Просьба четко пояснить, в чем именно заключается проблема? Например, раньше было то-то и то-то, сейчас стало то-то и то-то. Или проблема в том, что производительность L2TP-туннеля разная при поднятии его с компьютера и со шлюза?
P.S. ответить смогу не раньше понедельника, 27 апреля сего года, не теряйте.
UPD3: прошу прощения за задержку с ответом.
Проблема кроется где-то в пересылке кадров в eth1 из ppp0 на программном уровне.
С этой проблемой я вам вряд ли помогу. В качестве попытки ухватиться за соломинку - у вас случайно qos/tc не настроен на шлюзе?