1. Любая UI библиотека в конечном итоге рисует все с помощью API, который предоставляет ОС. Вопрос только в том, насколько этот API низкоуровневый или высокоуровневый. Также не забывайте, что кроме отрисовки, есть поведение контролов, обработка событий. Здесь тоже могут использоваться обработчики по умолчанию, а могут переопределяться.
Некоторые ОС имеют стандартную библиотеку контролов (Windows, OSX), а некоторые - нет (Linux).
2. Возможны. Например, VCL.
3. Бывают и с разными бэкендами. Например DlangUI. Бывают и с использованием DirectX/OpenGL. Например Firemonkey