Какие еще есть способы?
сразу пихать в архив. Только найти архиватор, который хранит файлы не по именам (например по crc32), есть ненулевая вероятность, что вы такой найдете. А архив потом монтировать, но ОСь файлы тогда не сможет различить, только ручками придется копировать\удалять.