1. Переносите файл подкачки на другой раздел, или совсем отключаете. Сделайте обнуление статуса System Recovery Points. Чистим %temp%, мусорку и windows\temp. Перезагрузка.
2. Дефрагментация по вкусу. Перезагрузка.
3. Качаете Sysinternals Suite
https://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/b...
из него используете утилиту sdelete для обнуления пространства на разделе (отсутствие файлов не означает отсутствие занятых секторов в файловой системе)
4. В Disk Managment делаете Shrink на разделе до нужного размера. Гасим гостевую систему.
5. Уменьшаете размер виртуального диска через PowerShell командлетом Resize-VHD
https://technet.microsoft.com/en-us/library/hh8485...
6. Делаем Compact средствами консоли Hyper-V или через Diskpart
diskpart
select vdisk file="D:\VHD\vdisk.vhd"
attach vdisk readonly
compact vdisk
detach vdisk
exit