Скопировать в папку program files, установить права доступа системы(если не наследуются)
и создать службу или задание в планировщике с триггером запуска "загрузка системы", указав скрипт запуска и рабочую папку(из нее берутся настройки). Про настройку можете почитать тут habrahabr.ru/post/87287
C 403 ошибкой решил проблему, появилась 409. Есть для винды еще какие-нибудь аналоги, не требующие танцев с бубном? transmission все таки на линуксовые системы рассчитана.