Под скриптом понимается небольшая торговая площадка (лоты, личный кабинет, интересные предложения и тому подобное), сложно ли будет добавить функционал для сайта (небольшой скрипт затрагивающий всех пользователей), придется создавать новую БД и менять код формы личного кабинета?
Создавать новую БД не придётся, в крайнем случае таблицу в текущую добавить.
Код формы личного кабинета - ну если изменения надо будет выводить в нём то да надо, если это чисто серверная вещь типа статистики то может и нет.
Вообще задача которую вы описали довольно редкая и в такие системы обычно трудно вникать и их дорабатывать поэтому лучше что бы это делал тот кто делал систему, или документация хорошая что бы была.