Windows Server 2008 R2 CAL — это лицензия на количество подключений к серверу, к любым сервисам встроенным в Windows Server.
Вот информация куда их девать:
social.technet.microsoft.com/Forums/nl/windowsserver2008r2general/thread/6826da5c-e12e-4d59-9a95-a4bb4bf83b87 В трёх словах — CAL лицензии представляют из себя документ, подтверждающий их наличие.
В поставке с серверами идёт какое-то количество CAL лицензий, с Windows Server 2008 R2 Standard дают 5шт, по остальным не знаю. Количество CAL для определённого сервера должно быть равным количеству компьютеров и серверов в вашей сети.
Нужно сказать, что некоторые сервисы Windows Server лицензируются дополнительно, например Terminal Services, это не исключает необходимость CAL. AD отдельно лицензировать не нужно.