Какие порты? Лучше unix-сокеты и использовать конфиг.
Для каждого приложения создаешь свой конфиг в /etc/uwsgi/apps-enabled/
[uwsgi]
plugins=python27
vhost=true
virtualenv=/home/ubuntu/myproject/python
module=project.wsgi
callable=application
pythonpath=/home/ubuntu/myproject
chdir=/home/ubuntu/myproject
processes=1
По умолчнию сокет создается тут
/var/run/uwsgi/app/myproject/socket
но можно указать свой путь опцией
socket
Ну и конфиг nginx соответственно:
server {
listen 80;
server_name example.ru;
location / {
uwsgi_pass unix:/var/run/uwsgi/app/myproject/socket;
include uwsgi_params;
}