"Поднять сервер" - это абстракция)) Решайте проблемы по мере необходимости. Тот же WP можно поднять кучей способов:
1. Линуксы бывают разные)) rpm-like, deb-like, всякие арчи, генту и другие, версии пакетов и правила настроек всюду разные
2. Web сервера тоже работают в разных связках: Apache, Nginx, Apache+Nginx, Lighttpd,... Если сайт будет доступен чрез https - тоже есть свои нюансы
3. Вместо MySQL можно юзать ту же Percona, или MariaDB
4. PHP может работать через mod_php, или php-fpm или вообще, быть hhvm...
Собсно посему нет такого понятия "правильно поднятый сервер", есть понятие "оптимальные настройки" и оно может быть только в контексте системы, которую вы строите