У меня была проблема, когда элементарно оказалось, что не было стабильного контакта при подключении, и как следствие автоопределение не работало или работало через раз, причем также вручную через Xrandr все настраивалось замечательно, но только до перезагрузки. Долго не мог понять, в чем дело, грешил на драйвера.
Решилось, как нетрудно догадаться, перетыканием разъема.