Советую посмотреть в сторону
rdiff-backup. Утилита делает дифференциальный бекап файлов. Далее Вы должны с помощью rsync забирать бекапы с сервера. Можете не забирать, а хранить а сервере, но если с сервером что-то случится (CloudMouse), то толку от тех бекапов на сервере не будет никакого