Серверный сертификат может быть подписан кем угодно, на использование клиентских это никак не влияет, их можете подписывать своим CA, главное серверу указать потом его, чтобы клиентские считались валидными. Вот
тут можно пример посмотреть, например. При использовании mutual аутентификации при помощи сертификатов может, конечно, возникнуть вопрос, если клиент не знает корневого сертификата, которым подписан серверный.