есть мнение, что для java лучше что-то из связки MySQL или Oracle, чем скажем MS SQL Server, так как продукты также оракловские, но в реальности тут больше зависит от того, с чем вы лично привыкли работать и от кучи прочих условий
Приложение будет работать с большим массивом данных? Критично к нагрузке? Должно быть масштабируемым? Ваш выбор - Oracle.
Если же это обычная утилита для простых запросов в небольшую базу, то MySQL хватит вполне.