Брандмауэр контролирует сетевые запросы. Т.е он либо позволяет передать данные по сети, либо не позволяет.
И он никогда никого ни в чем не подозревает. Он просто выполняет правила.
Что системный администратор в правилах напишет, то брандмауэр и выполнит.
Т.е запретит ли брандмауэр обновление вашего приложения или нет зависит только от системного администратора.