На вскидку для NI возникает такой минус — исчерпание размеров левого и правого ключей, когда придется перейти с, допустим, int на bigint. Зависит от соотношения размера дерева и шага для дырок в ключах. В принципе не проблема, потребуется просто чуть больше ресурсов. Но стоит о таких вещах подумать заранее, что бы не получилось так, что в самый неподходящий момент ресурсов то и не хватит.
Алгоритмический минус по сравнению с NS — зная левый и правый ключи узла невозможно вычислить количество потомков, а в NS это можно. К примеру, если каталог товаров храниться в NS, то для текущей категории (узел) можно указывать количество_товара/количество_подразделов/другое просто получив эту категорию и не получая её потомков.
В общем те или иные плюсы/минусы могут рассматриваться в контексте размера дерева, отношения количество_выборок/количество_вставок, аппаратных ресурсов.