1) Начнем с автоматического обмена. Раз вы разумно решили не городить велосипед, а использовать встроенные механизмы типовых платформ, то обращаю ваше внимание на закладку "Автоматический обмен" в вашей настройке обмена. Тут можно настроить обмен по расписанию или по некоторому событию. Ничего сверхсложного. Только отмечу, что если база файловая, то потребуется в настройках указать пользователя, в рамках которого будет стартовать менеджер фоновых заданий и который будет иметь достаточно прав на работу с объектами обмена; ну и конечно потом запустить сессию с базой от имени этого пользователя.
2) Для работы в Конвертации данных 2.0 и 2.1 с внешними параметрами необходимо их создать на закладке Параметры в элементе, который описывает соответствующую конвертацию (не правила - это подчиненные справочники, а именно конвертацию, где вы описываете от куда и куда, и где описываются обработчики глобальных событий обмена такие как "ПередВыгрузкойДанных", "ПередВыгрузкойОбъекта", "ПослеЗагрузкиДанных" и прочие). Если теперь воспользоваться обработками "Универсальный обмен данными XML", то что в 7.7, что в 8-ках появятся ваши параметры, которым вы можете указать требуемые значения.
3) При автоматическом обмене в типовых конфигурациях все параметры обмена выносят в настройки соответствующих планов обмена, где узлы соответствуют базам обмена. Так с разными базами бухи можно обмениваться или полностью всеми документами, или только от контрагентов с определенной папки (типа "белый учет").
4) Если у вас нет возможности изменять конфигурацию-источник, то в самой конфигурации можно реализовать получение данных в параметры. Обычно это делается в обработчике "ПередВыгрузкойДанных". В зависимости от типа вашего параметра вы можете ему присвоить значение с помощью Справочник.Номенклатура.НайтиПоКоду(123) или коллекцию из подобных элементов.
5) Фильтрацию выгружаемых данных можно делать вообще сотней способов. Можно пойти в правила выгрузки данных (ПВД) и похимичить с выбираемым множеством исходных данных для выгрузки. Можно пойти в правила конвертации объектов (ПКО) и там делать отказ от выгрузки неугодных элементов. Можно в упомянутом выше обработчике "ПередВыгрузкойОбъекта" из свойств конфигурации сделать фильтр. А можно во всех трех местах допустить выгрузку, но отсечь эти данные уже на этапе загрузки в базу-приемник.... Посмотрите для примера типовые правила обменов УТ-БУ там такого добра хватает.