Сложно ответить на такой вопрос.
Смотря что шифруете, от кого, и с какой целью.
По поводу аналогов - например
diskcryptor
У TrueCrypt есть один серьезный баг, который делает практически невозможным использование его под Windows - при работе драйвера TrueCrypt наглухо падает служба VSS, причем по тихому, незаметно.