Сложно так сказать.
Попробуйте, как варианты:
— убрать (заменить на opaque) значение для wmode. Причем пробовать разные варианты — только атрибут <object wmode..., только параметр <param name=«wmode»..., ни то, ни другое, etc. Попробовать убрать <param bgcolor.
— возможно, проблема была при экспорте флэшки в swf — проверить параметры publish. Возможно, там же прозрачность настраивается. Кстати, мне кажется больше, что проблема в самом .fla. Другие мувики на сцене с нормальной прозрачность же отображаются.
— Могут помочь вариации с CSS стилями блока-контейнера флэшки. position:absolute добавить. z-index.…