Итак, по порядку.
1) ровно как и usb, com-порт вы просто прокидываете. При этом лучше не менять никакие настройки - так вы сохраните все стандартные данные
2) com-порт прост, особенно для linux. можно за пару часов, ничего не зная, накидать скриптец хоть на том же питоне, который будет читать и писать туда на нужной скорости, управлении потоком, четности...
3) очень часто можно подключиться к железке через тот же minicom на прямую, без стороннего софта, и выставить там первоначальные ее настройки. Надо читать инструкцию