Какая утилита позволяет изолировать GUI приложения в линуксе?
На хабре переодически упоминалась утилита которая позволяет запускать GUI приложение в линуксе изолированно, с отдельными правилами маршрутизации и в чем то типа jail.
Вот например: https://wiki.archlinux.org/index.php/Skype#Securin...
Изоляция - это ограничение программы на взаимодействие с окружением.
Соответственно - смотря в чем вы её хотите ограничить (файловая система, сеть, память), туда и смотрите.