Все что можно отправить на принтер, можно сохранить как PDF. Поэтому в природе не существует решений защищающих файл который можно распечатать, от того что бы скачать его на диск.
По поводу платных подписок можно использовать Джумлу и специальные ресширения Кобальт и Эмиральд. Кобальт менеджер статей, для закачиваня файлов, Изумруд это подписки для платного доступа.